A zen kolostor szabályait a hagyomány szerint Hyakujo Ekai zenji (kínai:Baizhang Huaihai:百丈懷海 720-814) alkotta meg Kínában. Ezen zavaros, háborús időkben váltak a kolostorok önellátókká, ekkor vezették be meditáció mellett a munkát, elsősorban a mezőgazdasági munkát a szerzetesek számára. A munkát, mint meditációt élni, ez Hyakujo alapvetése. Hyakujo vezette be az étkezési szabályokat, a szútrák recitálását, s más számos szabályt, amely még ma is él a zen kolostorok világában, bár ez eredeti szabályokat sokszor a körülményeknek megfelelően megváltoztatták, de az alapok mindenütt ugyanazok.
A szabályok egyszerűek, világosak és könnyen követhetőek. Arra szolgálnak, hogy sok ember szervezetten tudjon együtt élni, hogy minél inkább a gyakorlásnak, a zen meditációnak szentelhessék a figyelmüket és az idejüket.
A tradicionális kolostorokban 3 hónapos gyakorlási és 3 hónapos gyakorlási szünet periódusok váltják egymást, felidézve Buddha korát, és Indiát, ahol a gyakorlás a 3 hónapos esős évszakokra esett, a vándorlás pedig a száraz évszakokra. A Sogenji kolostorban Taigen Shodo apát és zen mester megváltoztatta ezt, és az emberi pszichének jobban megfelelő periódusokat hozott létre. Egy egy sesshin minden hónapban 1 hétig tart.